実行時エラー対策版の、Version 3.0.1.0を公開しました。
エラーの原因は、過去にmsconfigやスタートアップチェッカーで自動起動項目を無効化した事のない環境下において、無効化情報を保存しているフォルダやレジストリキーが存在せず、その場合のエラー処理が漏れていた、という物でした。
一応、作者のエラー再現環境にて動作することを確認していますが、心配な方は暫く様子見てから導入を検討してください。
→ スタートアップチェッカー Version 3.0.1.0 Vectorに掲載されましたので、Vectorからダウンロードしてください。